Um dem Kunden zuverlässige Produkte, die allen Standards gerecht werden, anzubieten werden alle Produkte von FAGOR AUTOMATION strengen Qualitätskontrollen unterworfen. Die Firma wurde von verschiedenen Organisationen (Unterzeichnende Laboratorien, AENOR, usw.) für ihre Qualitätssicherung zertifiziert.
Die Produkte werden Funktionsprüfungen unterzogen, die mit den fortschrittlichsten Geräten durchgeführt werden: Präzision Laserprüfgeräten, Mikroskope für die Messung feiner Schichten (bis 15 nm.), digitale Oszilloskope und optisches Labor.